抗菌薬は人の病気の治療のほか、畜産・水産業や農業でも使用され、特に製造・流通量が多いのは家畜用です。病気の治療以外にも、成長促進目的で飼料に混ぜて家畜に与えられています。

家畜に使われる抗菌薬の中には、人の薬と同じか、よく似た薬もあり、そうした薬を使い続けて家畜の体内に耐性菌ができると、排泄物の環境への放出や食品などを通じて人にも広がり、人を治療する際に抗菌薬が効きにくくなるなど、悪影響が出る可能性があることがわかってきています。

世界保健機関（WHO）では、人の治療に使われる約30種類を「医療上、重要な抗菌薬」としてリスト化したうえで、2017年11月に、これらを家畜の成長促進目的には使わないよう求めるガイドラインを発表しています。日本政府でも、2016年に薬剤耐性菌に対する行動計画を策定。動物用の抗菌薬についても「慎重な使用の徹底」をかかげ、家畜の耐性菌を削減する数値目標が定められました。

一般の国内での鶏肉生産では、配合飼料の90％程度には抗菌剤が用いられており、多くの場合、飼料メーカーで配合されています。